存款保险制度建立后，商业银行增加其经营成本。由于风险差别费率，对不同银行影响不尽相同。工商银行（4.87, -0.02, -0.41%）城市金融研究所研究显示，由于国有商业银行的资产质量和风险管理能力在同业中首屈一指，资本充足率、拨备覆盖率等指标均达到或者超过监管要求，因此，所适用的存款保险费率会较低，对盈利能力的影响将会较小。根据美国、香港等国家和地区的经验，随着存款保险基金规模的扩大，保险费率会趋向于降低，因此保费支出对于国有大行影响趋小。特别是在同业某些银行由于风险程度较高，需要缴纳较高的保费时，国有大行成本优势会体现的更为突出。

“存款保险制度对大型银行意义不大，大型银行只增加成本。没有人敢让大型银行破产，存款保险公司也会破产的，这一点大行都清楚。美国金融危机也是救大不救小。”孙东升向经济观察网称，整体上对小型银行有利，小型银行可以获得更多平等的机会。存款保险制度建立后，存款利率市场化完全放开，按照其他国家地区利率市场化的经验，小型银行的利率一般高于大型银行100-120基点。在竞争的压力下，大型银行将不得不增加挽留旧存款和吸收新存款的成本。

姚炜则认为，小型银行在提高存款利率以吸引存款上的压力更大，而大型银行仍可能被视为“大而不倒”。为了缓和此类压力，中国人民银行[微博]将保持宽松的银行间流动性状况，并随时为小型银行提供更有针对性的流动性支持。

实施存款保险制度后，缴纳保费势必在短期内增加商业银行的经营成本，加之利率市场化，将会对银行传统的利润来源产生影响，净利差被迫缩窄，因此发展中间业务迫在眉睫。普益财富分析称，大力发展中间业务将是今后商业银行的转型方向。中间业务中，资产管理业务能够产生对传统存贷业务的最有利补充或替代效应。

从已披露年报的上市银行数据分析，近两年国有银行中，建行、农行及中行中间业务收入占比略有下降，而股份制银行中间业务收入占比明显上升，因此，从这方面理解，股份制银行对存款保险制度及利率市场化的准备更为充分。