工作小组办公室设在上海市科委：按《暂行办法》，对天使投资的风险补偿由上海市科委、市发展改革委和市财政局组成的工作小组负责管理和实施。

工作小组下设办公室，办公室设在上海市科委，办公室负责工作小组日常工作，主要职责包括：组织和受理风险补偿项目申报;对申报项目进行初审，提出补偿建议;定期向工作小组报告天使投资风险补偿资金的使用情况等。

按申报流程，办公室对投资机构提出的风险补偿申请委托有关部门或机构进行审核，并提出审核意见，报工作小组。工作小组审议后形成风险补偿方案，市财政局根据工作小组审定的补偿方案和市科委的用款申请，拨付补偿资金。补偿资金的拨付，按照财政国库管理制度的有关规定执行。

《暂行办法》还提出，鼓励具备条件的社会化科技服务专业机构参与风险补偿申报项目的评估审核。

按规定，申请风险补偿的投资机构，须在每年的第一季度或第三季度向办公室报送风险补偿申请表，并附机构备案登记、项目投资情况以及经会计师事务所审计核实的退出或清算情况等材料。风险补偿的申请时效原则上在创业投资机构存续期内，且最高不超过投资行为发生后的10年。