新三板与PE存在明显差异：在郑立昌看来，新三板投资和PE也有不同。显著区别是，新三板市场估值明显受到资本市场影响，会出现很大的波动。而PE市场估值相对稳定，波动很小的。此外，新三板市场的竞争对手比PE市场竞争对手更多，这意味着投资面临更充分的竞争，价格会提高，也就意味着收益率会下降。

另外，新三板的信息披露机制接近于A股，但又不如A股严格。“这种机制降低了尽调成本，但这也很难获得比公开信息更多的资料，不能像PE尽调一样对企业翻个底朝天。因为更深入的信息，很容易碰触内幕信息这条线，企业不敢说，否则就是内幕交易了。”郑立昌说。

郑立昌表示，在PE投资过程中，对赌、回购条款、业绩承诺等，都可以向企业提要求，“但新三板的公司已经是公众公司，这些条件不是很好谈。因为这些形成对投资者不公平；也在一定程度上干扰了价格形成机制。”